Для часто летающих пассажиров авиакомпания предлагает возможность стать участником бонусной программы Flying Blue. В её основе лежит принцип накопления бонусных миль. Чем большее количество миль находится на счёте участника, тем большими привилегиями он может пользоваться. Накапливать мили можно совершая полёты авиакомпаниями KLM, Air France и ещё несколькими. Количество начисляемых миль зависит от стоимости перелёта и класса обслуживания. Пассажиры бизнес-класса получают в награду большее количество миль. Накапливать мили можно не только совершая полёты, но также пользуясь услугами компаний-партнёров программы, например, гостиницами или пунктами проката автомобилей.

У компании существует четыре уровня бонусной программы, чем выше уровень, тем больше возможностей открывается пассажиру для получения привилегий. Накопленные баллы можно потратить на совершение бесплатного премиального полёта, либо повысить класс обслуживания. Также можно потратить баллы у компаний-партнёров программы. Чтобы накопленные баллы не сгорали, необходимо совершить хотя бы один полёт на самолётах авиакомпаний участников программы за два года с момента совершения первого перелёта после регистрации.